Все зависит от того, как этот вопрос отражен в договоре.
Если в договоре ничего не написано об обязанности Подрядчика предоставлять Заказчику информацию о стоимости приобретенных материалов, то в КС-2 отражается та стоимость, которая была учтена в смете (она, в свою очередь, могла быть основана на данных из прайс-листов). В этом случае, если Подрядчик купит нужные материалы по более низкой цене, он, согласно ст. 710 Гражданского Кодекса Российской Федерации части второй, сохраняет право на оплату по стоимости, отраженной в смете.
Если в договоре есть упоминание об обязательном представлении Подрядчиком данных о стоимости приобретенных материалов, то Вам придется предъявлять Заказчику счета-фактуры, т.е. подтверждать реальную стоимость приобретенных материалов.
Учитывая, что у Вас заключен договор с твердой ценой, то вне зависимости от того, будете Вы предоставлять Заказчику счета-фактуры или нет, Вы имеете право на оплату работ по установленной договором твердой цене. Ниже приводим письмо Минрегонразвития от 09.08.2011 № 17967-08/ИП-ОГ по данному вопросу.

ПИСЬМО Министерства регионального развития Российской Федерации от 9 августа 2011 г. № 17967-08/ИП-ОГ
Министерством регионального развития Российской Федерации рассмотрено обращение и сообщается следующее.
Согласно п. 4.1 статьи 9 Федерального закона от 21 июля 2005 г. № 94-ФЗ «О размещении заказов на поставку товаров, выполнения работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» (далее - Федеральный закон) цена государственного или муниципального контракта является твердой и не может изменяться в ходе его исполнения, за исключением случаев заключения контракта на основании пункта 2.1 части 2 статьи 55, а также случаев, установленных частями 4.2, 6, 6.2 - 6.4 статьи 9 указанного Федерального закона. Цена контракта может быть снижена по соглашению сторон без изменения предусмотренных контрактом количества товаров, объема работ, услуг и иных условий исполнения контракта.
В соответствии с пунктом 1 статьи 6 Федерального закона, определение начальной (максимальной) цены государственного или муниципального контракта осуществляется заказчиком строительства.
При этом, цена заключаемого контракта определяется по итогом проведения торгов.
Если в контрактной цене учтен резерв средств на непредвиденные работы и затраты, то в соответствии с п. 4.96 Методики определения стоимости строительной продукции на территории Российской Федерации при расчетах за выполненные работы по договорам с установленной твердой договорной ценой, резерв средств на непредвиденные работы и затраты в актах приемки выполненных работ не расшифровывается и оплачивается заказчиком по норме согласованной при формировании договорной цены.
Одновременно сообщается, что в соответствии с разъяснениями Минэкономразвития России письмом от 19 августа 2009 г. № 13613-АП/Д05 и ФАС России письмом от 18 августа 2009 г № ИА/27690, установленная в контракте стоимость оплаты выполнения работ не соотносится с фактическими расходами победителя торгов на выполнение конкретных работ и является обязательством заказчика оплатить контракт (этапы выполнения контракта) в установленном размере при надлежащем его исполнении.
Директор Департамента архитектуры,
строительства и градостроительной политики И.В. ПОНОМАРЕВ