Как правило, при определении сметной стоимости ремонтно-строительных работ используется именно такой подход, который вы применили, а поэтому заказчику остается только согласиться и принять его.
     Государственные элементные сметные нормы (ГЭСН-2001) и разработанные на их основе единичные расценки (ФЕР-2001, ТЕР-2001) учитывают оптимальные технологические и организационные схемы производства работ, оптимальный перечень строительных машин, автотранспортных средств и материальных ресурсов.
     При производстве капитального ремонта зданий и сооружений практически всегда исключается возможность применения общепринятых технологических схем производства работ, выполняемых при строительстве новых зданий и сооружений, так как повышаются затраты ручного труда на внутрипостроечном транспорте и доставке материалов в рабочую зону, изменяется режим использования машин и механизмов и т. п.
     Согласно п. 4.7 «Методики определения стоимости строительной продукции на территории Российской Федерации» МДС 81-35.2004 для определения сметной стоимости работ, выполняемых в условиях реконструкции и капитального ремонта, при использовании соответствующих сборников ГЭСН-2001 на строительные и специальные строительные работы (кроме сборника ГЭСН № 46) применяются коэффициенты 1,15 к нормам затрат труда, а значит, и к оплате труда рабочих-строителей, а также К = 1,25 к нормам времени эксплуатации строительных машин, в том числе к оплате труда рабочих, занятых управлением машин.
     Указанные коэффициенты компенсируют косвенные затраты и потери подрядных организаций при реконструкции и выполнении ремонтных работ, нормируемых по сборникам норм на строительные и специальные строительные работы, разработанным исходя из условий поточного ведения работ.
     Коэффициент 1,15 к нормам затрат труда учитывает также потери подрядных организаций, связанные с малообъемностью работ при ремонте и реконструкции, а коэффициент 1,25 к нормам времени эксплуатации строительных машин компенсирует потери строительных организаций, связанные со снижением уровня годового режима работы строительных машин.
     Указанные коэффициенты применяются при определении сметной стоимости капитального ремонта и реконструкции зданий и сооружений любого назначения в случае использования сборников ГЭСН-2001 (ФЕР-2001, ТЕР-2001) на строительные работы и не распространяются на монтажные и пусконаладочные работы (ГЭСНм-2001, ГЭСНп-2001) и работы по демонтажу конструкций.
     С учетом изложенного указанные коэффициенты применяются при определении сметной стоимости капитального ремонта и реконструкции зданий и сооружений любого назначения, в том числе автомобильных дорог, городских проездов, мостов, путепроводов и объектов благоустройства, в случае использования сборников ГЭСН-2001 на строительные работы.
     Указанные коэффициенты допускается применять совместно с коэффициентами, приведенными в технических частях сборников на строительные работы, учитывающими особые условия производства работ.
     Следует отметить, что если при реконструкции выполняются работы по строительству новых зданий в условиях, обеспечивающих бесперебойное ведение работ с максимальной производительностью рабочих и механизмов, понятие «реконструкция» на эти объекты распространяется условно – как источник финансирования. В этом случае коэффициенты 1,15 к нормам затрат труда и 1,25 к затратам на эксплуатацию машин при строительстве указанного здания не применяются. Также если при реконструкции наружных инженерных сетей выполняются работы по строительству новых участков по новой или старой трассе и при этом условия производства работ нормальные, то коэффициенты 1,15 к нормам затрат труда и 1,25 к затратам на эксплуатацию машин при строительстве указанных объектов не применяются.
     Надо также иметь в виду, что согласно п. 4.2 Указаний по применению ФЕР-2001 и ФЕРр-2001 (МДС 81-36.2004, МДС-81-38.2004) федеральные единичные расценки не подлежат корректировке в случаях, когда фактически строительные работы осуществляются вручную либо с применением средств малой механизации, а в нормативах предусматривается применение машин.
     Уточненная редакция таблиц коэффициентов учета условий производства работ в строительстве приведена в Указаниях по применению ФЕР-2001 (МДС 81-36.2004), ФЕРр-2001 (МДС 81-38.2004).
     Таким образом, для учета в сметах условий производства работ при проведении реконструкции или ремонта объектов к ФЕР-2001 применяются коэффициенты, приведенные в Приложении 3 МДС 81-36.2004, а при капитальном ремонте – в Приложении 3 к МДС 81-38.2004.

Примечание
При подготовке ответа на данный вопрос были использованы сведения из следующих писем Министерства регионального развития Российской Федерации: от 29 июня 2011 г. № 14093-08/ИП-ОГ; от 7 апреля 2011 г. № 8443-ИП/08; от 21 января 2009 г. № 1121-СМ/08; от 31 марта 2009 г. № 9015-ИМ/08; от 19 декабря 2008 г. № 34257-ИМ/08 и др.