Письмом ГС РФ № НЗ-629210 от 6 октября 2003 г. установлен порядок возмещения НДС на материалы, механизмы и услуги для организаций с упрощенной системой налогообложения. Заказчик (финансирование из бюджета) отказывается принимать указанные затраты, мотивируя отказ рекомендательным характером документа. Что характерно, приведенные в этом письме понижающие коэффициенты к накладным расходам и сметной прибыли принимаются как указания федеральных законов однозначно. Прошу разъяснить, кто прав и какими еще документами можно подтвердить правомерность компенсации затрат по НДС.

Порядок возмещения НДС для организаций с упрощенной системой налогообложения помимо Госстроя РФ установлен рядом директивных организаций (письмо Министерства РФ по налогам и сборам от 20 ноября 2002 г. № 26-1-15/1550). В случае отказа следует обращаться в суд.