Вы абсолютно правы – нужно разобраться в данной проблеме и решить ее раз и навсегда! Для определения сметной стоимости строительства или ремонта объекта в базисном уровне цен стоимость материальных ресурсов определяется также в базисном уровне цен (в уровне цен по состоянию на 1 января 2000 г.). Это можно сделать как по сборникам сметных цен на материалы, изделия и конструкции федеральным  (ФССЦ-2001), так и по территориальным (ТССЦ-2001).
В п. 3 «Общих положений» к Федеральным сметным ценам на материалы, изделия и конструкции в строительстве (ФССЦ-2001) (Приложение 7 к приказу Минстроя РФ от 30 января 2014 г. № 31/пр в ред. приказа Минстроя России от 7 февраля 2014 г. № 39/пр) указано на то, что в сметных ценах на материальные ресурсы транспортные затраты приняты из условия перевозки грузов автомобильным транспортом на расстояние до 30 км от баз (складов) организаций-подрядчиков или организаций-поставщиков до приобъектного склада строительства.
Согласно п. 6 «Общих положений» к государственным сметным нормативам, а именно ФССЦ-2001, в тех случаях, когда расстояние доставки превышает 30 км, необходимо произвести корректировку сметной стоимости предусмотренных проектом для применения на данном объекте сметных цен материальных ресурсов.
В указанном пункте приведено следующее: «Расчет дополнительных затрат на перевозку материалов, изделий и конструкций автомобильным транспортом на расстояние более 30 км рекомендуется выполнять на основании проектных данных о массе используемых при выполнении строительно-монтажных (ремонтно-строительных) работ материалов, изделий и конструкций и сметных цен на перевозку грузов автомобильным транспортом дифференцированных по классам грузов и типам перевозок, приведенных в федеральных сметных ценах на перевозку грузов для строительства».
Полученные затраты корректируют транспортные расходы, т. е. сумму затрат по доставке материальных ресурсов до приобъектного склада строительства (франко-приобъектный склад). При этом нелишним будет подчеркнуть, что сметные цены на материалы предназначены для определения сметной стоимости строительно-монтажных (ремонтно-строительных) работ и применяются при составлении сметной документации на строительство предприятий, зданий и сооружений, а также при разработке укрупненных сметных норм на конструкции и виды работ.
В вашем случае дополнительные затраты на транспортировку материальных ресурсов сверх учтенных 30 км в сметной цене используемого в проекте материала определяют по ФСЦпг-2001 с начислением на эти затраты заготовительно-складских расходов в размере 0,75% на металлоконструкции или 2% на все другие материальные ресурсы, кроме металлоконструкций (см. п. 4 «Общих положений» к ФССЦ-2001), с отнесением этих затрат на сметную стоимость конкретных материалов.
Конечно же, дополнительные затраты на транспортные расходы для учета их в сметной стоимости материальных ресурсов следует определять как разницу между стоимостью перевозки грузов на требуемое расстояние и уже учтенными 30 км в сметной цене используемого материала.
Рассмотрим пример, где фактическая дальность доставки сборных железобетонных стеновых панелей составляет 70 км, а масса их составляет 350 т.
Перечень затрат, учтенных в стоимости перевозки грузов автотранспортом, приведен в «Общих положениях» к разделу 3 «Сметные цены на перевозку грузов автомобильным транспортом» ФССЦпг 81-01-2001 («Федеральные сметные цены на перевозки грузов для строительства» в ред. 2014 г.) – п. 1.3.1–1.3.16.
Так, в п. 1.3.3 указанных выше «Общих положений» приведено следующее: «В сметных ценах учтена оплата за перевозку грузов, а также за простой автомобильного транспорта в местах погрузки и разгрузки в пределах установленных норм и доля порожнего пробега от пункта расположения автотранспортного предприятия до первой загрузки и от места последней разгрузки до автотранспортного предприятия», а также и другие затраты».
Как видно из приведенной цитаты, в стоимости транспортировки груза автотранспортом учтены не только затраты по перемещению, но и другие, в частности, простой автотранспорта под погрузкой и в местах разгрузки и другие затраты, которые при перевозках не тиражируются, т. е. они бывают вначале и в конце. Поэтому удорожание транспортных расходов следует определять как разницу между стоимостью перевозки грузов автотранспортом на 70 км и 30 км, учтенной в сметной стоимости данного материального ресурса. Для чего необходимо использовать показатели такой стоимости, которые приведены в разделе 3 ФССЦпг 81-01-2001 (в ред. 2014 г.).
В п. 353 Приложения 15 для данного материала определен класс груза – 2. Далее по табл. 03–01, а именно по позициям 03-01-02-70 и 03-01-02-30 определяем удорожание транспортировки груза как разницу: 34,31 - 21,37 = 12,94 руб./на 1 т перевозимого груза.
Так как объемный вес сборных железобетонных конструкций составляет 2,5 т, то дополнительные затраты на данную единицу измерения составят:
12,94 х 2,5 х 1,02 = 33,0 руб./м3 конструкции.
Полученный результат включается в графу «Материальные ресурсы» за единицу измерения, а произведение на объем такой конструкции есть показатель удорожания стоимости предусмотренных конструкций, но уже с учетом корректировки транспортных расходов на сложившееся расстояние, т. е. это есть стоимость строительно-монтажных работ.
Пример составления калькуляции приведен в Приложении 5 МДС 81.2-99, которая внесена в «Федеральный реестр сметных нормативов, подлежащих применению при определении сметной стоимости объектов капитального строительства, строительство которых финансируется с привлечением средств федерального бюджета» (см. 2-й подраздел вкладки ГСН).
Ознакомиться с правилами определения сметной стоимости используемых в проекте материальных ресурсов можно по следующим источникам:
1. «Общие положения» к ФССЦ в пяти частях (ред. 2009 и 2014 гг.);
2. п. 4.22–4.29 МДС 81-35.2004;   
3. МДС 81-2.99.