1. Изначально ответ на ваш вопрос следует искать в п. 4.6 и 4.7 «Методических указаний по определению величины накладных расходов в строительстве» (МДС 81-33.2004):
«4.6. Для определения стоимости строительных работ, выполняемых индивидуальными предпринимателями  (физическими лицами) по договорам бытового или строительного подряда, величину накладных расходов рекомендуется рассчитывать на основе индивидуальной нормы путем калькулирования по статьям затрат, принимая для расчета только те статьи затрат и расходов, которые соответствуют фактическим условиям выполнения работ по бытовому или строительному подряду.
4.7. При определении сметной стоимости строительства и расчетах за выполненные работы для индивидуальных предпринимателей и организаций, использующих упрощенную систему налогообложения, необходимо исключать из расчета индивидуальной нормы накладных расходов затраты, связанные с уплатой единого социального налога (ЕСН).
При использовании организациями в локальных сметах укрупненных нормативов накладных расходов по видам строительства или по видам строительных, монтажных и ремонтно-строительных работ к указанным нормативам применяется коэффициент 0,7».
Примечания:
– в указанном пункте предусматривается одинаковый подход к определению размера накладных расходов при определении сметной стоимости работ, выполняемых индивидуальными предпринимателями и организациями, использующими упрощенную систему налогообложения;
– пункт 4.7 МДС 81-33.2004 с 1 января 2011 г. утратил силу (письмо Минрегиона РФ от 6 декабря 2010 г. № 41099-КК/08).
2. В п. 2 письма Минрегиона от 21 февраля 2011 г. № 3757-КК/08 сказано, что для организаций, работающих по упрощенной системе налогообложения, к нормативам накладных расходов применяется К = 0,94 (соответственно, данное указание относится и к индивидуальным предпринимателям).
3. В п. 4 письма Минрегиона от 21 февраля 2011 г. № 3757-КК/08 сказано, что применение понижающих коэффициентов к нормативам накладных расходов (0,85) и сметной прибыли (0,8) в строительстве распространяется на организации, работающие по упрощенной системе налогообложения. При этом не утратило силу примечание к прил. 1 и 2 письма Росстроя от 18 ноября 2004 г. № АП-5536/06 о применении коэффициента 0,9 к нормативам сметной прибыли по видам строительно-монтажных и ремонтно-строительных работ при упрощенной системе налогообложения.
Вывод: при определении сметной стоимости работ, выполняемых индивидуальными предпринимателями, к нормативам накладных расходов по видам строительных, монтажных и пусконаладочных и ремонтно-строительных работ надо применять коэффициенты К = 0,94 и К = 0,85, к нормативам сметной прибыли – К = 0,9 и К = 0,8.